भारतीय लघु उद्योग विकास बैंक का नेतृत्व निदेशक मंडल सहित अध्यक्ष एवं प्रबंध निदेशक द्वारा किया जाता है। बैंक ने सुपरिभाषित पदानुक्रम निर्धारित किए हैं, ताकि संगठन के सुनिश्चित उद्देश्यों पर एकाग्रता से ध्यान केंद्रित करते हुए प्रभावी निर्णय किए जा सकें।